KOMPLETNÍ SBORNÍK | ||
OBSAH | ||
ODHADY RIZIKA SMRTI A NÁSLEDKŮ OTRAV PRO PACIENTY
VZEŠLÉ Z ČESKÉ METANOLOVÉ AFÉRY V ROCE 2012 Jaromír Běláček, Sergej Zakharov, Martin Komarc, Daniela Pelclová |
||
ANOTACE:
které byly vnitřně
diferencovatelné zejména typem aplikované hemodialýzy (intermitentní
hemodialýza /IHD/ vs. kontinuální veno-venózní hemodialýza-hemodiafiltrace
/CVVHD/), závažností metabolické acidózy (např. podle hladin pH, HCO3 v krvi
pacientů a jiných markerů), množstvím etanolu v krvi intoxikovaných pacientů
a řadou zjevných či skrytě indikovaných (subklinických) následků akutních
otrav.
Hlavním výsledkem formálních statistických analýz je simultánní vs multivariátní
posouzení vlivu sledovaných markerů na poločas eliminace methanolu
a kyseliny mravenčí z krve pacientů ve skupinách s odlišným typem hemodialýzy
a odhady pravděpodobností rizika smrti a následků otrav prostřednictvím
modelů ordinální multinomické regrese fitovaných na základě logaritmů věrohodnostního
(„log likelihood“) poměru LR R2. Použitá metodika přímočaře
zobecňuje dosud standardně užívané metodiky lineárních regresních analýz
pro normálně a binomicky rozdělené závisle proměnné a poukazuje zejména
na možnosti dobře interpretovatelných výsledků (včetně grafických prezentací
statisticky nejvýznamnějších formálních závislostí).
Řešení úlohy bylo podpořeno z prostředků projektu PRVOUK P25/1LF/2/UK
Praha.
Klíčová slova:
Intoxikace organismu metanolem, intermitentní hemodialýza /IHD/, kontinuální
veno-venózní hemodialýza /CVVHD/, explorační faktorová analýza /EFA/, BW a FR
regresní algoritmy, ordinální multinomická regrese
|
||
ZKUŠENOSTI S PROVOZEM REGIONÁLNÍHO KLINICKÉHO INFORMAČNÍHO SYSTÉMU IKIS® – PODPORA E-HEALTH V ČR Petr Bělík, Eva Chmelová, Marek Smilowski |
||
ANOTACE:
Současně s tímto docházelo
ke stále větší integraci s ostatními systémy. Jedním z mnoha příkladů může
být propojování s laboratorními systémy na úrovni elektronického předávání
laboratorních výsledků nebo dokonce odesílání elektronických žádanek. K tomuto
stavu docházelo v jednotlivých zdravotnických zařízeních, která nebyla
či nejsou mezi sebou vzájemně propojena na úrovni výměny zdravotnických
dat. Dokonce se jedná o informační systémy různých dodavatelů, které ve většině
případů nejsou na stejné technologické úrovni řešení a ani nijak vzájemně
propojeny či kompatibilní.
Postupem doby se ukazuje, že klinický systém hraje jednu z klíčových rolí
v celém procesu péče o pacienta. Na moderní klinický systém jsou ale dnes
kladeny naprosto jiné nároky. Je zřejmé, že stávající systémy tyto požadavky
nesplňují v plné míře. Vedení zdravotnických zařízení si uvědomuje, že jejich
nynější systémy se stávají překážkou zvyšování kvality péče, neposkytuje služby,
které nemocnice nezbytně potřebuje.
Trendem posledních let je zajištění vzájemné výměny dat o pacientech.
Prvním krokem k realizaci tohoto cíle byla definice datového standardu Ministerstva
zdravotnictví ČR (DASTA), který v prvních použitích sloužil k přenosu
laboratorních výsledků z laboratorních informačních systémů do klinických
systémů. V dalších etapách docházelo k rozšíření o další datové bloky (například
pro komunikaci s ÚZIS apod.). V zahraničí existují obdobné standardy
sloužící k výměně dat (HL7), které se v ČR příliš neujaly z důvodu existence
národního standardu.
|
||
VÝUKA VYHLEDÁVÁNÍ INFORMACÍ V ELEKTRONICKÝCH
MEDICÍNSKÝCH DATABÁZÍCH S PODPOROU LMS MOODLE Helena Bouzková |
||
ANOTACE:
Předmětem sdělení jsou výsledky a několikaleté
zkušenosti pracovníků Národní lékařské knihovny NLK) s výukou pregraduálních
studentů Filozofické fakulty Univerzity Karlovy - Ústavu informačních
studií a knihovnictví (FF UK ÚISK) a lékařských knihovníků a informačních pracovníků
veřejných informačních služeb ve zdravotnictví metodou e-learningu
v LMS Moodle. Zkušenosti ukazují, že forma elektronického vzdělávání kombinovaná
s metodou Face 2 Face je vhodným nástrojem pro výuku pregraduálních
studentů knihovnictví a vědeckých informací a lékařských knihovníků
a informačních pracovníků v systému celoživotního vzdělávání.
Klíčová slova:
profesní vzdělávání, pregraduální vzdělávání, celoživotní vzdělávání,
lékařský knihovník, informační pracovník, e-learning, zdravotnictví
|
||
EDUCATION OF INFORMATION RETRIEVAL IN MEDICAL DATABASES WITH SUPPORT OF LMS MOODLE
National Medical Library in Prague organizes educational courses for continual education of medical librarians of the Czech Republic and pregradual education of students of librarianship at Charles Univesity in Prague. These course are organized via e-learning method and in-class teaching medthod from the year 2010.
Keywords:
Medical librarian,, informatic specialist, information retrieval, e-learning, evidence based medicine, medical databases, continuing education, pregradual education |
||
BIG DATA VE ZDRAVOTNICTVÍ – PERSPEKTIVY PROBLEMATIKY J. Hendl |
||
ANOTACE:
Big data řešení představuje kombinaci speciálních databázových technologií,
vhledu do řešené problematiky, analýzu dat a jejich vizualizaci. V mnoha
oblastech se v současnosti experimentuje s metodami, které umožňují shromažďovat
a zpracovávat ohromné objemy dat, přitom se zjišťuje, zda neobsahují
skryté datové konfigurace, které mohou indikovat řešení specifických
problémů, které dovolují provést predikce nebo odhalit změny.
V zdravotnictví se setkáváme s problémy souvisejícími s velkými objemy
strukturovaných a nestrukturovaných dat velmi často v důsledku digitalizace
existujících dat a generování nových dat. To zahrnuje lékařské záznamy o pacientech,
radiologické snímky, data o klinických pokusech, data o lécích, data
z humánní genetiky a o populacích, genomiky atd. Novější formy dat se týkají
3D zobrazování, data z genomických a biometrických senzorických zařízení
a dat z „chytrých“ telefonů a elektronických náramků.
Příspěvek upozorňuje na trendy a perspektivy řešení problematiky Big data.
Klíčová slova:
Big data, data mining, lékařské rozhodování, digitalizace, strukturovaná a nestrukturovaná
data
|
||
VYUŽITÍ DAT Z ELEKTRONICKÉ PORODNÍ KNIHY Michal Huptych, Václav Chudáček, Lukáš Hruban, Libor Seidl, Jakub Mottl, Petr Janků, Lenka Lhotská |
||
ANOTACE:
To je již dostačující množství na to, abychom se
začali zabývat otázkou využití těchto dat (v anonymizované podobě). Elektronická
porodní kniha nemá za cíl konkurovat (či dokonce nahrazovat) zavedeným
nemocničním informačním systémům. Nedávalo by to smysl a není to ani
v možnostech tvůrců. Je v podstatě sama o sobě experimentem, zabývajícím
se možnostmi evidence lékařských záznamů ve strukturované podobě s provázáním,
což je velmi důležité, na možnost využití klinicky důležitých údajů,
například pro účely odkazování na zdroje znalostí, hledání zajímavých (shluků,
skupin) případů, či edukace. V případě odkazování na zdroje znalostí byl jako
důkaz proveditelnosti realizován projekt využití technologie HL7 Infobutton.
Tato technologie patří do množiny HL7 standardů a je založena na vyhledávání
relevantních informací a znalostí s možností specifikace kontextu, ve kterém
jsou tyto informace a znalosti požadovány. V druhém případě se jedná o vyhledávání
podobných záznamů na bázi porovnávání podobnosti parametrů
z vybraných částí záznamu. Tato část vychází z metody strojového učení nazývané
případové usuzování. V minulém roce proběhlo několik experimentů
s tímto porovnáváním a v současné době je na toto téma zpracovávána jedna
z diplomových prací. Třetím příkladem využití dat z porodní knihy je realizace
v první řadě edukačního systému pro hodnocení záznamu kardiotokogramu
s možností vytváření a vyplňování testů. Zde byla porodní kniha (resp. model
a databáze porodní knihy) využita pro tvorbu kostry edukačního a testového
případu a byla využita řada ze shromažďovaných údajů. Tyto tři oblasti využití
považujeme za podstatné a lékaři reálně využitelné.
Klíčová slova:
informační systém, elektronická dokumentace, interoperabilita, datové modely, zpracování
klinických dat, strojové učení, porodnictví
|
||
AN USE OF DATA FROM THE ELECTRONIC LABOR BOOK
It would not make sense (it is not within our capacity). In fact, EDB itself is an experiment dealing with the possibility of medical records storing in a structured format with specific properties. This is very important for the possible use of clinically relevant data for purposes such as finding interesting (clusters of, groups of) cases, or referring to the sources of information and knowledge, or education.
In the case of searching for medical information and knowledge sources, it was a purpose to test the feasibility of the use of HL7 Infobutton technology in the Czech Republic. This technology belongs to the set of HL7 standards and it is based on the search for relevant information and knowledge with the option of the specified context in which information and knowledge are required.
In the second case, the concept of searching of similar records based on the comparison of parameter similarity was tested. This part is based on the machine learning method called case-based reasoning. In the past years we performed several experiments with this comparison and it is still the subject of our interest.
The third example of the use of data from the EDB is in an electronic educational system for the evaluation of the record of cardiotocogram and clinical information. This educational system allows to create and to pass tests. A user can use system for education as well as for testing. Delivery book (model and database of delivery book) was used for creating of structure of educational and testing (quiz) part of the system. There have been used a number of data collected in the EDB. We deem these three areas of the use EDB as very important and really usable in a real clinical environment.
Keywords: information system, electronic documentation, interoperability, data models, clinical data processing, machine learning, obstetrics
|
||
VYUŽITÍ TEZAURU MESH PŘI VYHLEDÁVÁNÍ VĚDECKÝCH
INFORMACÍ Adéla Jarolímková |
||
ANOTACE:
MeSH je rovněž významným nástrojem pro vyhledávání informací v databázích,
v nichž je využíván. Jeho hierarchická struktura a rozsáhlý odkazový aparát
usnadňuje uživateli orientaci v hledaném tématu a zjednodušuje formulaci
dotazů, takže uživatel není nucen pro dosažení úplnosti vyhledávání zadávat
všechna synonyma určitého pojmu. Moderní vyhledávací rozhraní orientovaná
na koncového uživatele a umožňující zadávání dotazů v přirozeném jazyce
pak využívají MeSH jako pozadí pro obohacování dotazu zadaného uživatelem
o další relevantní termíny, v některých případech systém dotaz přímo do MeSH
„překládá“. Na základě deskriptorů MeSH extrahovaných z vyhledaných záznamů
jsou také vytvářeny filtry a další pomůcky pro úpravu výsledků dotazu. Mezi
systémy, které tímto způsobem s MeSH pracují, patří např. PubMed, Ovid SP,
ale také portál Medvik, jehož prostřednictvím je prohledávána databáze BMČ
a katalogy NLK a dalších lékařských knihoven.
Kromě vyhledávání vědeckých informací z tradičních databází slouží MeSH
také k vyhledávání věrohodných informací na webu, např. prostřednictvím
portálu HON (Health on the Net Foundation), který MeSH využívá k popisu
webových stránek ve své databázi, nebo v databázi MedlinePlus určené laické
veřejnosti, kde jsou pomocí MeSH formulovány dotazy na pacientské informace
do PubMed/Medline. Národní lékařská knihovna buduje s použitím MeSH
specializovanou sekci webových stránek nazvanou Zdroje o zdraví a nemoci
pro občany.
Klíčová slova:
vyhledávání informací, bibliografické databáze, portály, Medical Subject Headings
|
||
USING MESH FOR SCIENTIFIC INFORMATION RETRIEVAL
MeSH is also an important tool for information retrieval. Its hierachical structure and extensive linking apparatus make it easier for the user to get acquainted with the topic and to formulate the query. Modern search interfaces aimed at end-users and allowing the natural language queries use MeSH at the background for query mapping and expansion. Filters, limits and other tools for the query management are based on MeSH as well. Among the systems that use MeSH in such ways are PubMed, Ovid SP and also Medvik, the National Medical Library’s portal for searching NML’s catalogues and Bibliographia medica Cechoslovaca database.
Apart from information retrieval from traditional databases, MeSH is used also for searching quality and reliable web sites, e.g. through the HON (Health on the Net Foundation) portal, which uses MeSH for description of web sites in its database, or in the MedlinePlus database aimed at patients.
Keywords
Information retrieval, bibliographic databases, web portals, Medical Subject Headings |
||
VYUŽITÍ ANALÝZY OBRAZU PRO KLINICKÉ HODNOCENÍ STRUKTUR OBLIČEJE Pavel Kasal, Patrik Fiala, Lubomír Štěpánek, Jan Měšťák, Stanislav Machač, Jana Duspivová |
||
ANOTACE:
Perspektivou
v této oblasti je uplatnění metod geometrické morfometrie, umožňující vícerozměrné
hodnocení strukturálních dat. Uvedené metodologie byly využity
pro plánování optimalizace rhinoplastik na základě typu obličejového profilu,
posuzování symetrie nazolabiálních rýh jako průvodního screeningového příznaku
u asymetrií páteře a dále pak hodnocení mimiky při jednotlivých emočních
výrazech jako základ pro následnou standardizaci efektu obličejových
operací.
Key words:
Morphometry, Rhinoplasty, Scoliosis, Facial Expression
|
||
APPLICATION OF IMAGE ANALYSIS FOR CLINICAL EVALUATION
OF FACIAL STRUCTURES
Application of methods of geometric morphology allowing
multidimensional evaluation of structural data is a perspective in this field. The
mentioned methodologies were used for planning of rhinoplasty optimization
on the basis of facial profile type, assessment of nasolabial folds symmetry as
a related screening symptom of spinal asymmetries and also for evaluation of
facial expressions while expressing particular emotions as a basis for subsequent
standardization of facial surgeries effect.
Key words:
Morphometry, Rhinoplasty, Scoliosis, Facial Expression
|
||
CARDIO3®ECHO EXPERTNÍ SYSTEM PRO HODNOCENÍ
KARDIOGRAFICKÝCH NÁLEZŮ Roman Kerekeš, Jiří Kofránek, Jaroslav Januška |
||
ANOTACE:
Současné přístroje umožňují měření
a výpočet širokého spektra hemodynamických a morfologických parametrů.
K přesnému zhodnocení aktuálního stavu srdečního onemocnění je potřebné
ověřit i relace mezi výsledními daty.
Cílem tohoto projektu je vytvořit CARDIO3®ECHO expertní systém k hodnocení
echokardiografických parametrů a ověřit možnosti využití systému v klinické
praxi.
|
||
CARDIO3®ECHO
Echocardiography is the non-invasive, widely available and basic method to examine the heart. Current devices allow echocardiographic measurements and calculations of large amounts of hemodynamic and morphological parameters. To establish the diagnosis and assessment of severity of heart disease, it is needed to evaluate all available data. The physician must take into account the specificity, sensitivity and possible measurement error of the specific echo parameter. The goal of this study was to investigate the feasibility of CARDIO3®ECHO expert system for the establishment of diagnosis of heart diseases, using echocardiographic measurement data. |
||
AKTUÁLNÍ STAV PROJEKTU NÁRODNÍCH ZDRAVOTNÍCH
REGISTRŮ Z POHLEDU ÚZIS Daniel Klimeš, Milan Blaha, Pavel Langhammer, Jan Mužík, Ladislav Dušek |
||
ANOTACE:
Dosud byla data NZIS sbírána
elektronicky v několika oddělených systémech. Nyní je realizován projekt
(řešitelem je KSRZIS), který převádí všechny registry a statistická zjišťování NZIS
na jednotnou platformu. Předpokládané spuštění všech registrů je v průběhu
roku 2015. Po dokončení projektu bude sběr dat probíhat jednotně a výhradně
v elektronické podobě. Zapojeni budou všichni poskytovatelé zdravotní péče.
Sběr bude umožněn vždy zabezpečeně jednak přes webové formuláře, jednak
dávkově z informačních systémů poskytovatelů zdravotních služeb dle standardu
DASTA. S novou platformou dochází také k úpravě datové struktury jak
uvnitř zdravotnických registrů, tak v rámci formulářů statistického zjišťování.
Cílem je zabránit duplicitním sběrům, snížit zátěž zpravodajských jednotek
a důsledně sbírat jen potřebná, tedy dále využívaná data.
Klíčová slova:
Národní zdravotní registry, Národního zdravotnický informační systém NZIS,
DASTA MZČR
|
||
National Health Information System - current status from the perspective of the Institute of Health Information and Statistics of the Czech Republic Until recently, NHIS data was collected electronically in several separate systems. At present, the project is under way (solved by the Coordination Centre for Departmental Medical Information Systems, CCDMIS), transferring all NHIS registries and statistical findings to a uniform platform. All registries are expected to be launched during the year 2015. After the completion of the project, data collection will be performed in a uniform manner, and only in the electronic form. All health care providers will be involved. Data collection will be enabled in a secured way – both via on-line forms and via batches from information systems of health care providers, in compliance with the DASTA standard. The new platform also brings a modification of data structure both within health registries and within forms used for statistical findings. The aim of this measure is to prevent duplicate collections, to reduce the burden of data-providing units, and to collect only needed (i.e., subsequently used) data.
Keywords:
Nationwide health registries, National Health Information System, DASTA MHCR |
||
ELEKTRONICKÉ ARCHIVY (REPOZITÁŘE) BIOMEDICÍNSKÝCH
MODELŮ Jiří Kofránek |
||
ANOTACE:
Patří k nim zejména
– prostředí Virtual Cell (pro tvorbu a archivaci modelů metabolických drah
v buňkách), prostředí Bio Tapestry (pro tvorbu a archivaci modelů genových
regulačních sítí), jazyk JSim MML a jazyk CellML spolu s příslušnými volně stažitelnými
vývojovými platformami (pro tvorbu a archivaci modelů fyziologických
systémů v rámci mezinárodního projektu PHYSIOME). Domníváme se, že
budoucnost i v této oblasti patří také akauzálnímu jazyku Modelica, pro níž
existují jak komerční tak i volně stažitelné nekomerční vývojové nástroje.
Klíčová slova:
Bio Tapestry, CellML, JSim, Modelování, Modelica, Virtual Cell
|
||
PULSUJÍCÍ MODEL KARDIOVASKULÁRNÍHO SYSTÉMU
Tomáš Kulhánek, Jiří Kofránek, Marek Mateják |
||
ANOTACE:
Tento
příspěvek představuje pulsující model kardiovaskulárního systému pomocí
objektově orientovaného a akauzálního jazyka Modelica. Implementace modelu
za použití knihovny Physiolibrary je podobná analogii elektrického obvodu
a je používána ve vývoji nových výukových simulátorů.
Klíčová slova:
Modelica – Physiolibrary – model kardiovaskulárního systému
|
||
GAITBASE: APLIKACE PRO VYHODNOCENÍ A ZPRACOVÁNÍ
POHYBOVÝCH DAT Z KAMEROVÉHO SYSTÉMU VICON. Martin Ladecký, Radim Krupička |
||
ANOTACE:
Pro objektivní hodnocení je možné zobrazit a exportovat vypočítané parametry,
které popisují chůzový cyklus a jeho případnou odchylku od normy. Data se
zpracovávají na serveru a jsou přístupná přes webové rozhraní. Součástí aplikace
je databáze pacientů a jednotlivých vyšetření, kterou lze snadno spravovat
pod různými rolemi. Aplikace je vyvíjena na katedře Biomedicínské informatiky
Fakulty biomedicínského inženýrství ČVUT ve spolupráci s 1. lékařskou klinikou
v Grazu a momentálně je testována a nasazena pro účely klinického hodnocení
a výzkumu chůze dětí postižených mozkovou obrnou.
Klíčová slova:
Zpracování dat, VICON, chůze, webové rozhraní
|
||
GaitBase: Application for evaluation and processing of movement data from VICON video camera system Calculated parameters which describe gait cycle and its deviation from the normal gait are free to export for additional evaluation. Data is processed on the server and is available via web interface. One part of the application is a database of patients and their examinations which can be easily modified under different roles. Application is developed at Faculty of Biomedical Engineering at Czech Technical University in Prague in cooperation with Departement of Paediatric Surgery, Medical University of Graz. Application is currently deployed and tested for purposes of clinical evaluation and research of gait of children with cerebral palsy.
Keywords: Data processing, VICON, gait, web interface |
||
BIG DATA VERSUS VZÁCNÉ PŘÍPADY Lenka Lhotská, Miroslav Burša, Michal Huptych, Matěj Hrachovina |
||
ANOTACE:
Data v medicíně
však vykazují určitá specifika, mezi něž patří i malé datové soubory popsané
velkým počtem příznaků, vzácné případy vyjádřené odlehlými hodnotami příznaků,
které nelze ignorovat, ale naopak zohlednit v dalších analýzách. V medicíně
se také daleko častěji využívá a bude využívat interaktivních metod dobývání
znalostí, kde expert je součástí procesu a jednotlivé kroky analýzy jsou
řízeny jeho znalostmi. Na důležitosti nabývají metody z oblasti strukturního
učení a grafové modely využívající pravděpodobnostní matematický aparát.
Nedílnou součástí zpracování velkých dat je vhodná vizualizace dat, procesu
zpracování a výsledků.
Klíčová slova:
Big data, dobývání znalostí, vizualizace, multidimenzionální data, dolování dat
|
||
BIG DATA VERSUS OUTLIERS One of them is existence of small data sets described by a high number of features; another one is existence of rare cases described by outliers which cannot be ignored but must be considered in successive analysis. In medicine there are more frequently utilized interactive methods of knowledge discovery where an expert is part of the proces and individual analysis steps are controlled by his/her knowledge. Methods of structural learning and graphical models utilizing probabilities are becoming more important. Inseparable part of the big data processing is suitable visualisation of data, processing and results.
Keywords:
Big data, knowledge discovery, visualisation, multidimensional data, data mining
|
||
ČESKÝ PŘEKLAD TEZAURU MEDICAL SUBJECT HEADINGS
A MOŽNOSTI JEHO VYUŽITÍ Lenka Maixnerová, Helena Bouzková, Filip Kříž |
||
ANOTACE:
Pro potřeby přenosu medicínských informací z různých klasifikací
a slovníků mezi informačními systémy začaly být vytvářeny konverzní nástroje.
V roce 1986 byl v National Library of Medicine (NLM), USA vytvořen Unified Medical
Language System (UMLS), který integruje různé biomedicínské slovníky
(Metathesaurus). Metathesaurus obsahuje i dva české zdroje: MSHCZE (MeSH
Czech) a MDRCZE (MedDRA Czech).
Tezaurus Medical Subject Headings (MeSH) je slovník určený pro zpracování,
pořádání a vyhledávání biomedicínských informací. Jeho producentem
je NLM, USA. Překlad do českého jazyka zajišťuje Národní lékařská knihovna
(NLK) již od roku 1977. Pro překlad NLK využívá webovou aplikaci NLM MeSH
Translation Maintenance System. Slovník má hierarchickou strukturu, základem
je 16 kategorií. Základní jednotkou tezauru je deskriptor, který obsahuje
koncepty (preferované a nepreferované) a k nim vážící se synonyma. Slovník je
aktualizován 1x ročně. NLK překládá záhlaví deskriptoru, preferované i nepreferované
koncepty a doplňuje česká synonyma, od roku 2010 se do českého
jazyka překládají i definice termínů. NLK nevytváří pouze nové překlady, pravidelně
reviduje a doplňuje i starší deskriptory, snahou je, aby překlady odpovídaly
aktuální české terminologii. Český překlad verze 2015 obsahuje 27.455 deskriptorů,
9.883 nepreferovaných konceptů, 21.357 viz odkazů a 2.931 definic.
Český překlad je využíván lékařskými knihovnami pro zpracování a vyhledávání
biomedicínských informací, je využíván pro zpracování národní bibliografie
Bibliographia medica Čechoslovaca, a je možné jej přímo integrovat do knihovnických
systémů. Slovník MeSH je možné používat za účelem analýzy, popisu
nebo překladu informačních zdrojů, případně jej integrovat do webových
aplikací. Další možnosti využití jsou zejména pro výzkumné (např. automatická
indexace biomedicínských textů, morfologie, syntax, sémantika) a výukové
účely. NLK distribuuje MeSH ve formátech XML, ISO Marc 21 a ISO Unimarc.
Pravidelné aktualizace MeSH-CZ odebírá okolo 20 organizací. Český překlad je
volně dostupný prostřednictvím portálu Medvik, jehož producentem je NLK,
na adrese www.medvik.cz/bmc sekce Prohlížení.
Klíčová slova:
Medical Subject Headings, překlady, slovníky lékařské, lékařské knihovny, slovníky jako
téma, terminologie jako téma
|
||
CZECH TRANSLATION OF THE MEDICAL SUBJECT HEADINGS THESAURUS AND POSSIBILITIES OF ITS USAGE The Medical Subject Headings (MeSH) thesaurus is a dictionary designed for processing, organizing, and retrieving biomedical information, produced by the NLM. The Czech translation has been provided by the National Medical Library (NML) since 1977. The dictionary has a hierarchical structure, based on 16 categories. The basic unit of the thesaurus is a descriptor that contains concepts (preferred and non-preferred) and their synonyms. NML translates main headings of the descriptors, preferred and non-preferred concepts, their synonyms and from year 2010 also the definitions (scope notes). The goal of the translation is to match the up-to-date Czech terminology. The current (year 2015) Czech translation contains 27.455 descriptors, 9.883 non-preferred concepts, 21.357 see references and 2.931 definitions.
The Czech MeSH translation is used for indexing biomedical literature in medical libraries, in NML specially for processing of the Bibliographia medica Czechoslovaca national bibliography. MeSH vocabulary can be used for analyzing, describing, or translating of information sources, or can be integrated into web applications or other systems as well. Further usage is mainly in research (for example: automatic indexation of biomedical texts, morphology, syntax, semantics) and for educational purposes. NML distributes MeSH in XML, ISO Marc21 and ISO UNIMARC formats. The regular updates of MeSH-CZ are distributed to 20 organizations. The Czech translation is freely available via the Medvik portal (www.medvik.cz/bmc).
|
||
ADAIROVE VIAZANIE O2, CO2 A H+ NA HEMOGLOBÍN Marek Mateják, Jiří Kofránek |
||
ANOTACE:
v článku pod názvom
„Adair-based hemoglobin equilibrium with oxygen, carbon dioxide and hydrogen
ion aktivity“. Ukazuje, ako je možné tento model implementovať v Modelice
(http://www.modelica.org) za pomoci knižnice Physiolibrary (http://www.
physiolibrary.org). Nakoniec ukazuje možnosť využiť tento implementovaný
model hemoglobínu pre simuláciu rôznych stavov a experimentov oxygeninácie,
carboxylácie a/alebo titrácie kyselinami či zásadami.
|
||
BIG DATA SKRYTÁ V KNIHOVNÁCH V KONTEXTU
MEDICÍNSKO-INFORMAČNÍM Anna Motejlková, Richard Papík |
||
ANOTACE:
Velké
soubory dat patřící do této kategorie se skrývají i v knihovnách. Kde přesně
lze v knihovnách big data nalézt a jakým způsobem by jejich analýzy mohly
být přínosné pro rozvoj vědy a výzkumu? Na tuto otázku se snaží odpovědět
následující příspěvek.
Klíčová slova:
big data, informační zdroje, rešeršní strategie
|
||
BIG DATA HIDDEN IN LIBRARIES
IN THE CONTEXT OF MEDICAL INFORMATION
Large data files belonging to this category are hiding also in libraries. Where exactly can the big data be found in libraries and what way could their analyzes be beneficial for the development of science and research? The following post seek to answer these questions.
Hide |
||
CESNET A JEHO AKTIVITY V MEDICÍNĚ Jiří Navrátil, Sven Ubik, Radovan Igliar, Pavel Pečíva |
||
ANOTACE:
Mezi významné uživatele patří všechny fakultní nemocnice a další
zdravotnická zařízení. Pro uživatele vytváří vhodné prostředí pro spolupráci
specialistů v mnoha oborech, provoz nestandardních aplikací, živé přenosy
z operací vhodné pro výuku nebo pro presentace na národní odborné konference
nebo na mezinárodní symposia. V příspěvku budou ukázány příklady
zajímavých přenosů z posledních let a naznačeny směry další spolupráce
s medicínskou komunitou.
Klíčová slova:
Internet, e-infrastruktura, přenos videa, výuka, 4K video, SAGE, živé operace
|
||
CESNET AND HIS ROLE IN MEDICINE
Between the users of this networks are all university hospitals and many other healthcare organizations. CESNET create for them ideal environment for live demo of surgeries used for education of new doctors or for presentation of new methods on national and international conferences and symposia. In the talk we will demonstrate several examples of such live demos and we will talk about possibilities of future collaboration with the health community.
Keywords: Internet, video transmission, 4K, SAGE, live surgeries |
||
INFORMAČNÍ ZDROJE NEMEDICÍNSKÉHO PŮVODU RELEVANTNÍ PRO ŘEŠENÍ MEDICÍNSKÝCH INFORMAČNÍCH POTŘEB
Richard Papík, Martin Souček |
||
ANOTACE:
Informační zdroje
jiných oborů nebo univerzálního nebo polytematického charakteru poskytují
rovněž velmi cenné informační prameny pro naplnění informačních potřeb
uživatelů informací. Tyto zdroje však nebývají často identifikovány a zůstávají
ze strany medicínských profesionálů často nepovšimnuty.
Klíčová slova:
Databáze, informační zdroje, elektronické informační zdroje
|
||
NON-MEDICAL INFORMATION RESOURCES RELEVANT FOR MEDICAL INFORMATION NEEDS
Information sources of other disciplines or universal, also polythematic spheres also provide valuable information sources for meeting of information needs of information users . However, these sources are often not identified and not used by medical professionals. |
||
MODELOVÁNÍ ZMĚN FARMAKOKINETICKÝCH VLASTNOSTÍ
SUBSTRÁTŮ CYP3A4 PŘI JEJICH KOMBINACI SE SILNÝMI
INHIBITORY Jan Prell, Jiří Potůček, Olga Matoušková, Jiří Douša, Nieko Punt |
||
ANOTACE:
Všechny interakční studie byly provedeny v programu pro kompartmentové
modelování farmakokinetiky a farmakodynamiky Edsim++. Potřebná data pro
tvorbu kompartmentových modelů byla získána z již provedených in vitro interakčních
experimentů. Pro vyhodnocení dat pak byly využity časové průběhy
plasmatických koncentrací léčiv, plochy pod koncentrační křivkou léčiv AUC
před a po interakci s inhibitorem a maximální dosažené plasmatické koncentrace
Cmax.
V programu Edsim++ byly vytvořeny interakční modely substrátů CYP3A4 se
silnými inhibitory tohoto enzymu: midazolam-ketokonazol (MK), midazolam-
-itrakonazol (MI), midazolam-ritonavir (MR). Délka trvání interakce činila 150 h
(MK), 216 h (MI), 246 h (MR). Plocha pod koncentrační křivkou substrátů AUC
byla zvýšena o 545 % (MK), 291 % (MI), 537 % (MR). Maximální dosažené koncentrace
substrátů Cmax byly zvýšeny o 400 % (MK), 153 % (MI), 516 % (MR).
Současné podání silných inhibitorů a substrátů CYP3A4 je kontraindikováno.
Délka wash-out periody vychází z délky trvání interakce. Po podání ketokonazolu,
itrakonazolu a ritonaviru by wash-out perioda měla být minimálně 7,
10 a 4 dny, než bude podáno jiné léčivo, které je substrátem enzymu CYP3A4.
Klíčová slova:
lékové interakce, objektově orientované modelování, Edsim++, inhibitory CYP3A4, substráty
CYP3A4, midazolam, ketokonazol, itrakonazol, ritonavir
|
||
THE PHARMACOKINETIC MODEL FOR THE COMBINATION CYP3A4 SUBSTRATES AND INHIBITORS All interaction studies were executed by means of Edsim++ programme for compartmental PK/PD modelling. Required data for the interaction models were obtained from in vitro experiments. Performing the simulations, time dependent plasmatic concentrations of drugs, enzyme substrate areas under curves and maximal plasmatic concentrations were used in evaluation.
Applying Edsim++ programme the following pharmacokinetic interaction models of CYP3A4 substrates and inhibitors were created: midazolam-ketoconazole (MK), midazolam-itraconazole (MI), midazolam-ritonavir (MR). Persistence of interaction were 150 hrs (MK), 216 hrs (MI) and 246 hrs (MR). Areas under curves of substrates were elevated by 545% (MK), 291% (MI) and 537% (MR). The maximal plasmatic concentrations of substrates were elevated by 400% (MK), 153% (MI) and 516% (MR).
Parallel therapies using strong inhibitors and substrates of CYP3A4 are contraindicated. The wash-out period was derived from the persistence of interaction. After administration of ketoconazole, itraconazole and ritonavir the wash-out period should be at least 7, 10 and 4 days before administration of another CYP3A4 substrate.
|
||
NÁKLADY A VÝNOSY E-HEALTH Z POHLEDU
POSKYTOVATELŮ PÉČE
Miroslav Přádka |
||
ANOTACE:
V konečném
důsledku pak budou jednotlivé funkcionality dle implementačního
harmonogramu postupně zaváděny do praxe.
Z pohledu poskytovatelů lůžkové péče budou stanovené funkcionality
v rámci e-Health vždy představovat určité výnosy a určité náklady. S ohledem
na žádoucí interoperabilitu aktérů v rámci rezortu zdravotnictví, jíž e-Health
významně napomáhá, jsou diskutovány vybrané potřebné funkcionality právě
s ohledem na jejich očekávané cost/benefit parametry.
Klíčová slova:
e-Health, cost/benefit, poskytovatel péče |
||
VLIV VYBRANÝCH ASPEKTŮ PROJEKTOVÉHO ŘÍZENÍ
NA ÚSPĚŠNOST NÁRODNÍCH PROJEKTŮ E-HEALTH
Miroslav Seiner |
||
ANOTACE:
Teoretické předpoklady
jsou porovnávány se zkušenostmi z průběhu dvou aktuálních národních
projektů, které nebyly realizovány podle původních předpokladů a nelze je
proto označit za úspěšně naplněné. Jsou rozebrány konkrétně aspekty nejednoznačné
definice projektových záměrů, nedostatečného respektování výchozí
situace a kontextu projektu, neadekvátní model rozložení nákladů projektu
a potřeba stanovení jednoznačného garanta národních projektů, především ve
smyslu určení plně odpovědné a současně kompetencemi vybavené instituce.
Naplnění těchto standardních požadavků projektového řízení vidí autor jako
nezbytné předpoklady pro správnou volbu optimální koncepce řešení jednotlivých
projektů.
|
||
PŘEHLED METOD PRO AUTOMATICKOU SEGMENTACI HORNÍ
A DOLNÍ ČELISTI V INTRAORÁLNÍCH, NEBO EXTRAORÁLNÍCH
RENTGENOVÝCH SNÍMCÍCH Jan Tesař, Maksym Pryvalov, Zoltán Szabó |
||
ANOTACE:
Zmíněné obrazové modality se používají na odhalení skrytých vad, zjištění
patologických ložisek při hrotu zubního kořene, při ošetřování kořenových
kanálků apod. Článek popisuje přehled automatických metod pro segmentaci
horní a dolní čelisti na bázi morfologických operací za účelem následné identifikace
všech možných nálezů a zvýšení počtu správně diagnostikovaných
zubních kazů.
Klíčová slova:
panoramatický rentgenový zubní snímek, matematická morfologie,
top-hat transformace, bottom-hat transformace, integrace |
||
SURVEY OF METHODS OF AUTOMATIC UPPER AND LOWER JAWS SEGMENTATION ON INTRAORAL OR EXTRAORAL X-RAY IMAGES These visual modalities are being used to detect hidden defects, to find pathological creations at the tip of the tooth root, to help during curing of teeth root channels etc. In this paper is given survey of methods of automatic lower and upper jaws segmentation based on morphological operations with purpose of further classification of all possible problems and increase of caries detection accuracy rate.
Keywords:
Dental X-Ray panoramic image, mathematical morphology, top-hat transform, bottom-hat transform, integration |
||
GDIAG: APLIKACE PRO SBĚR A ZPRACOVÁNÍ DOTAZNÍKŮ
V GERIATRICKÉ DLOHODOBÉ PÉČI
Slávka Vítečková, Radim Krupička, Zoltán Szabó |
||
ANOTACE:
Dotazníky se pak nesystematicky přepisují do elektronické formy a následně
hodnotí. Z dlouhodobého pohledu a z pohledu zpracování získaných
dat je tento způsob nevhodný. Proto jsme vytvořili sadu SW nástrojů, která je
určena právě ke sběru, dlouhodobému uchování a hromadnému zpracování
dat. Softwarové nástroje umožní vytvoření libovolného dotazníku, který je
možný vyplnit elektronicky nebo nechat vytisknout a vyplnit jeho papírovou
verzi. Papírové verze je možné naskenovat do webového systému a importovat
do databáze, kde pomocí náhledů lze data procházet či exportovat do různých
statistických nástrojů.
Klíčová slova:
získávání dat, dlouhodobá péče, dotazníky, internetové uchovávání, software, hodnotící
nástroje |
||
GDIAG: LONG-TERM CARE DATA COLLECTION AND PROCESSING SOFTWARE SUITE
Such methods are not only inefficient but also inaccurate and homes for the future evaluation and storage of the data. The solution is a complex software tool, which could be used not only for survey creation, but also for the storage and processing of the collected data. GDiag software tool was developed in cooperation with the Centre of Gerontology and CELLO Faculty of Humanities, Charles University in Prague and consulted with the Czech Alzheimer Society. It consists of two parts; firstly a survey designer which provides an easy-usable tool for the questionnaire creation, print or export to the PDF format. Second part is a web database system for data collection, process and storage. The completed questionnaires are scanned and imported to the system which automatically recognizes the data. The questionnaire can be also completed in a web form. In such way are the data fully accessible for the users and can be easily managed and exported to various formats by the scientists.
Keywords:
gdiag, long-term care, questionnaires, web storage, software, assessment tools, data acquisition
|
||
ZPRÁVA O STAVU PŘÍPRAVY NÁRODNÍ STRATEGIE
ELEKTRONICKÉHO ZDRAVOTNICTVÍ Martin Zeman |
||
ANOTACE:
Cílem této zprávy je
rekapitulace předchozích snah o koncepční řízení eHealth na národní úrovni
a představení současného stavu projektu přípravy Národní strategie elektronického
zdravotnictví.
Klíčová slova:
Zdravotnická informatika, eHealth, elektronické zdravotnictví, koncepce, strategie,
Česká republika |
||
A REPORT ON THE STATE OF PREPARATION OF NATIONAL EHEALTH STRATEGY
The aim of this report is a recapitulation of previous efforts to establish the conceptual management of eHealth at the national level and the presentation of the current status of the project of National eHealth Strategy.
Keywords
Medical informatics, e-Health, Concept, Strategy, Czech Republic
|
||
ZAVEDENÍ KLASIFIKACÍ VZÁCNÝCH ONEMOCNĚNÍ
V ČESKÉ REPUBLICE
Miroslav Zvolský, Jitka Jírová, Milan Blaha, Daniel Klimeš, Antonín Šípek, Viktor Kožich, Milan Macek |
||
ANOTACE:
Problémem je identifikace
pacientů s RD ve zdravotnickém systému, který v současnosti sleduje diagnózy
pacientů z hlediska vedení dokumentace a vykazování péče pouze na úrovni
Mezinárodní klasifikace nemocí, 10. revize (MKN-10). MKN-10 není pro rozlišení
RD dostatečně podrobná. Mezinárodní konsorcium Orphanet udržuje řízený
slovník RD doplněný systémem kódování, který se nazývá Orpha codes. Vrozené
poruchy metabolismu ÚZIS ČR aktuálně připravuje pilotní použití Orpha codes
s mapováním na kódy klasifikace SSIEM a MIM Numbers v České republice
pro kódování záznamů Národního registru vrozených vad od 1. 1. 2016.
Klíčová slova:
Vzácné nemoci, Mezinárodní klasifikace nemocí, Orphanet, Národní registr vrozených
vad, terminologie jako téma |
||